中心共設有20個科室：辦公室,、宣傳科、財務科,、政工科,、信息科、預防醫(yī)學門診部,、職業(yè)衛(wèi)生科,、血吸蟲病防治所、性病艾滋病預防控制科,、麻風病防治科,、慢性非傳染性疾病預防控制科、規(guī)劃免疫科,、傳染性疾病預防控制科,、衛(wèi)生監(jiān)測檢驗科、質量管理辦公室,、病媒生物防制科,、健康教育所,、公共衛(wèi)生應急辦公室,、學校衛(wèi)生與食品衛(wèi)生科,、生物制品和物資管理科